由于推行制度的时间短，我国又处于转轨时期，《暂行条例》及其实施过程中仍存在诸多问题，表现在以下几个方面：第一，条例作为行政法规，效力层次较低，与公务员的地位不相称。第二，条例确定的公务员范围较窄，特别是职位分类较为单一，不利于吸引专业人才，也不利于调动一线工作人员的积极性。第三，对于实践中发展起来的相关制度不能提供有效的法律支持。第四，竞争、激励、廉政等机制尚不健全，各有相应缺陷。因此，进一步改革和完善公务员制度，建立一支有中国特色的公务员队伍，有必要制定《公务员法》，对条例进行修改。
2001年，中组部、人事部成立了起草领导小组、起草小组。2002年初，正式启动草案的研究起草工作。2005年3月，人事部正式向国务院报送草案。国务院向全国人大汇报沟通，并听取意见，作进一步修改，形成了《中华人民共和国公务员法（草案）》，经国务院常务会议讨论通过后提交全国人大常委会审议。2005年4月27日，第十届全国人民代表大会常务委员会第十五次会议通过了《公务员法》。
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