3月22日晚19:30，淅淅沥沥的春雨浇不灭科学爱好者的热情，图书馆明雅书斋依旧迎来了一批求知若渴的人，第251期学术沙龙在这里如期举行。华中农业大学园艺林学学院在读博士研究生柯丽丽给在场师生分享了自己研究柑橘物种进化过程中lncRNA的动态变化的过程。
长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是指长度大于200 个核苷酸的不参与蛋白质编码过程的DNA 转录产物。近年来，这类lncRNA 在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达方面的研究比较广泛，已获得较为深刻的认知。最近人们认识到lncRNA 在一些的生理、病理途径中也发挥着作用，比如干细胞全能性、神经生长分化与肿瘤发生等。
lncRNA可以分为四类，有lincRNAs（即长基因间非编码RNA）、lncNATs（即长非编码天然反义转录物）、long intronic non-coding RNA（即长内含子非编码RNA）、lncRNAs partitiall overlapping with protein-coding genes（即与蛋白质编码基因重叠lncRNA部分）。柯丽丽将重心投向了对lincRNAs的功能的研究。
柑橘有着丰富的种质和基因组资源，此外，除枳壳外其他物种的lncRNA未有人鉴定，物种间的lncRNA的研究也较少。于是，柯丽丽就对一个原始柑橘和八个现代柑橘进行测序，鉴定了来自九个柑橘物种的18，075个lincRNAs（14，575 lincRNA loci）。柑橘lincRNA有数量的差异，其中原始柑橘有3285种。柑橘lincRNA的基本特征有较少的外显子个数，较短的转录本长度和较低的表达量。与此同时，lincRNA与邻近基因表达相关性较低，有更强的组织特异表达。与物种特异的lincRNA相比，保守的lincRNA在原始柑橘及至少两个现代柑橘中有表达。柯丽丽在研究过程中最感兴趣的就是lincRNA的转录保守性。在九个柑橘物种中，比起mRNA来说，lincRNA呈现出较低的转录保守性。接着，柯丽丽又发现了甜橙及柚子中同源的lincRNA呈现出相同的表达模式。她从甜橙中鉴定了68个与miRNA相关的lncRNA，构建并验证了可能与柑橘果实发育相关的miR166-lncRNAS互作调控网络。
在专业的课题介绍后，柯丽丽给在场师生分享了她在华农的十年。从本科到博士，她一直在华农深造，对果树学的研究也越来越深入。她谈到自己从未后悔选择华农，修读果树学课程的一些有趣的瞬间如果树修剪、基地劳动等，都给是她求学研究过程中难忘的时刻。
分享过后，现场气氛活跃，讨论激烈。观众就是否有参考基因组、若是没有参考基因，研究是否有可执行性、能否通过得到的lincRNA反推同源性、能否鉴定到lincRNA介导柑橘的进化等问题向柯丽丽提问，柯丽丽一一作了解答。同时，在场的行家还对柯丽丽的研究提出了一些建议。例如，继续探究lincRNA与甜橙甜度之间关系，找共表达基因以及控制miRNA的表达量，柯丽丽虚心接受了在场师生的建议，表示自己会更好地设计日后的实验。
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本期主讲人柯丽丽，来自华中农业大学园艺林学学院，师从徐强教授，研究对象为柑橘中的lncRNA及miRNA，目前解析了九个柑橘物种进化过程中lncRNA的动态变化，并从甜橙中鉴定到68个与miRNA相关的lncRNA，验证了可能与柑橘果实发育相关的miR166-lncRNAs互作调控网络，相关成果今年已发表于The Plant Journal上。
文字：单文琪
摄影：周涵
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